Transport over water wordt ook in veelvoud gebruikt door de marine. De marine zet zich wereldwijd in voor veiligheid op en vanuit de zee en zet zich in het geval van oorlog ook in voor oorlogvoering over water. In Nederland is de Koninklijke Marine de oudste tak van defensie die nog bestaat.

De marine helpt vaak bij crisisbeheersingsoperaties, humanitaire hulp operaties en bij rampen. De marine richt zich ook op het bestrijden van drugstransport, piraterij, mensensmokkel, wapensmokkel en terreur. Op deze manier houdt de marine dus toezicht op de andere manieren van watertransport

De schepen die door de marine worden gebruikt, heten marineschepen. De marine is vaak in het bezit van een aantal schepen in verschillende soorten. De verschillende schepen die meestal door de marine gebruikt worden vliegdekschepen, kruisers, jagers, fregatten, onderzeeboten, mijnenvegers, landingschepen, patrouillevaartuigen en hulp-vaartuigen genoemd.

De Koninklijke Marine in Nederland is op dit moment in het bezit van 29 schepen, waarvan Zr.Ms. Karel Doorman het grootste ‘Joint Support Schip’ (fregat) is op dit moment. Marineschepen van de Koninklijke Marine beginnen altijd met Zr.Ms of met Hr.Ms, staande voor Zijner Majesteits of Harer Majesteits. De titel geeft dus aan dat het schip van de koning of koningin van dat moment is.