Naast enkel transport over water, is er ook een mogelijkheid voor transport onder water. Dit wordt gedaan doormiddel van onderzeeboten, ook wel onderzeeërs of duikboten genoemd. Deze boten zijn echter niet bedoeld voor goederentransport of voor personentransport voor een groter publiek, maar voor militaire doeleinden. Onderzeeboten worden meestal door de marine ingezet als het nodig is om zo onzichtbaar mogelijk blijven. Deze boten moeten zich verborgen houden tot er opdracht wordt gegeven om in aanval te komen.

De eerste onderzeeër die ook daadwerkelijk kon voortbewegen is van Nederlandse afkomst. Cornelis Drebbel ontwierp een onderzeeboot die op mankracht, met behulp van roeispanen, kon voortbewegen. Deze testte hij tussen 1620 en 1624. De eerste onderzeeboot met een elektrische aandrijving ging in 1888 te water, uitgevonden door Spaanse ingenieur Isaac Peral. Deze was tevens volledig militair uitgerust en had een betrouwbaar onderwater navigatiesysteem.

Vanaf 1954 werden onderzeeboten aangedreven door kernenergie. Deze ontwikkeling zorgde er voor dat de onderzeeboot een erg lange tijd onder water kon blijven. Bij deze vondst werd de bemanning eerder moe dan de boot zelf, wat het een betrouwbare ontwikkeling maakte. Vandaag de dag is men steeds meer aan het zoeken naar manieren waarop een onderzeeër voort kan bewegen zonder kern energie en zonder toegang tot zuurstof van boven het wateroppervlak.